เดิมตำบลหนองน้ำแดงเป็นส่วนหนึ่งของตำบลขนงพระต่อมาเมื่อปี 2527 ได้มีการเปลี่ยนแปลงเขตตำบลประกาศกระทรวงมหาดไทยเรื่องตั้งและเปลี่ยนแปลงเขตตำบลในท้องที่ลงวันที่ 17 สิงหาคม 2527 โดยมีการโอนหมู่บ้านจากตำบลขนงพระจำนวน 6 หมู่บ้าน มาตั้งเป็นตำบลหนองน้ำแดง ได้แก่ หมู่ที่ 1 บ้านหนองน้ำแดง หมู่ที่ 2 บ้านวงษ์เกษตร หมู่ที่ 3 บ้านเขาวง หมู่ที่ 4 บ้านวะกะเจียว หมู่ที่ 5 บ้านหนองมะกรูด หมู่ที่ 6 บ้านโป่งกระสังและได้ขอแยกหมู่บ้านเพิ่มขึ้น โดยแยกหมู่บ้านหมู่ที่ 4 เป็นหมู่ที่ 7 คือบ้านไทยเดิม ต่อมาเมื่อปี 2534 ได้แยกหมู่บ้านเพิ่มขึ้นอีก โดยแยกหมู่ที่ 4แยกเป็นหมู่ที่ 8 บ้านไทรทอง และแยกหมู่ 3 เป็นหมู่ที่ 9 บ้านธารมงคล ต่อมาเมื่อปี 2536 ได้แยกหมู่บ้านเพิ่ม โดยแยกหมู่ที่ 8 เป็นหมู่ที่ 11 บ้านมอมะหาด ในพื้นที่เขตตำบลหนองน้ำแดง ประกอบด้วยคนตางถิ่น ซึ่งอพยพจากจังหวัดสระบุรี อยุธยา นครราชสีมา สุพรรณบุรี อ่างทอง